Wokół soi, a więc także napojów sojowych, narosło wiele mitów, szczególnie dotyczących zawartych w niej izoflawonów, czyli naturalnych związków roślinnych zaliczanych do fitoestrogenów. Ich struktura chemiczna rzeczywiście przypomina estrogeny, co budziło kiedyś wątpliwości, zwłaszcza w kontekście wpływu na gospodarkę hormonalną. Jednak według aktualnego stanu wiedzy naukowej umiarkowane spożycie izoflawonów (np. z mleka sojowego) jest całkowicie bezpieczne zarówno dla kobiet, jak i mężczyzn. Co więcej, badania pokazują, że izoflawony mogą przynosić konkretne korzyści zdrowotne.
Warto jednak pamiętać, że soja należy do grona najczęstszych alergenów pokarmowych. U osób uczulonych może wywołać reakcje alergiczne, dlatego każda osoba z podejrzeniem alergii powinna zachować ostrożność i skonsultować się z lekarzem przed wprowadzeniem mleka sojowego do diety.
Ostrożność powinny zachować także osoby z chorobami tarczycy. Soja zawiera naturalne związki (tzw. goitrogeny), które mogą wpływać na wchłanianie jodu. Dotyczy to jednak przede wszystkim osób z istniejącymi zaburzeniami tarczycy lub spożywających duże ilości produktów sojowych codziennie. W umiarkowanych ilościach, w ramach zróżnicowanej diety, napoje sojowe nie stanowią zagrożenia dla zdrowej tarczycy – szczególnie jeśli spożywane są produkty wzbogacone w jod i inne niezbędne mikroelementy.